Обучение на историческом факультете СФИ позволит студентам целостно осмыслить российскую историю XX века — наиболее спорного и наименее изученного периода в истории нашей страны. На факультете работают две программы профессиональной переподготовки: по истории Русской православной церкви и по общественной истории отечества. Программы будут интересны и университетским преподавателям — не только истории, но и философии, культурологии, политологии, социологии и других гуманитарных дисциплин, и школьным учителям, и выпускникам гуманитарных вузов. 

По широте и сложности рассматриваемых проблем обе программы ориентированы на уровень магистратуры. Важное место отводится источниковедческим дисциплинам и методологии исторического исследования, а также изучению и критике наиболее устойчивых стереотипов, до сих пор существующих в массовом сознании.

Программа «Социальная история Отечества» направлена на осмысление русского культурно-исторического опыта и этапов общественного развития России. Учебным планом предусмотрены такие дисциплины, как «История русской религиозно-философской мысли», «История отечественной литературы XX века», «Биографика русской истории и культуры», «История российского антибольшевистского сопротивления в XX веке» и другие. Кроме того, программа знакомит с нюансами архивоведения и библиографии.

Программа «История Русской православной церкви в XX веке» наряду со специальными курсами, например, «Опыт духовного сопротивления в России в XX веке», «Предсоборное движение и Поместный собор 1917-1918 годов», «Современные подходы к канонизации и изучению опыта новомучеников», предполагает и такие дисциплины, как «История советской повседневности», «Концепции истории в философской и религиозной мысли», «Проблемы изучения устной истории», «Истоки и эволюция тоталитарных режимов».

На факультете преподают высококлассные российские исследователи — Кирилл Александров, Владимир Черняев, Елена Белякова, Ирина Гордеева, Глеб Запальский, Александр Феофанов, Юлия Балакшина, Александр Баранов и другие.